संघीय स्वास्थ्य तथा जनसंख्या मन्त्रालय सम्पर्क मन्त्रालय रहेको पोखरा स्वास्थ्य विज्ञान प्रतिष्ठान आफैमा एक स्वायत्त संस्था हो । यसको सांगठनिक संरचनामा सबैभन्दा माथि कुलपतिका रुपमा देशका प्रधानमन्त्री तथा संघीय स्वास्थ्य तथा जनसंख्यामन्त्री वा राज्यमन्त्री प्रतिष्ठानको सहकुलपति रहने व्यवस्था ऐनमा छ । प्रतिष्ठान ऐनमा कार्यकारी प्रमुख उपकुलपति हुन्छन् । उपकुलपतिको मातहतमा डीन र निर्देशक रहने व्यवस्था छ । प्रतिष्ठानको सांगठनिक स्वरुपमा सभा, प्राज्ञिक परिषद्, कार्यकारी परिषद्, पदपूर्ति समितिलगायतका संरचना छन् । तिनीहरुको सामूहिक रुप नै प्रतिष्ठानको स्वरुप हो ।